Formadas por las mismas personas que componen el consejo, están organizadas en grupos de trabajos mas pequeños en los que se reparten el contenido de trabajo eligiendo las comisiones de trabajo de cada curso escolar en función de las acciones y proyectos previstos. Desde la creación del Consejo las comisiones que se han constituido son las siguientes:
- Comisión de Derecho al Juego
- Comisión de Salud
- Comisión de Medio Ambiente
- Comisión de Difusión
- Comisión Polivalente de Derechos
Las reuniones por comisiones se convocan una vez al mes.
Comisión de Difusión